Bakı Dövlət Universitetində (BDU) Heydər Əliyev muzeyi 1997-ci ildə Ulu Öndərin şəxsi razılığı ilə yaradılmışdır. Muzey BDU-nun məzunu və Fəxri doktoru olmuş, Azərbaycan xalqının Ümummilli Lideri Heydər Əliyev irsinin, dövlətçilik fəlsəfəsi və azərbaycançılıq ideyasının dərindən öyrənilməsini, tədqiqini və geniş təbliğini həyata keçirir. Muzeyin fəaliyyəti Ulu Öndərin keçdiyi şərəfli həyat yolunu əks etdirən konkret fakt və materialların qorunub saxlanması və gələcək nəsillərə ötürülməsi, BDU-da təhsil alan gənclərin əsl vətəndaş, şəxsiyyət kimi formalaşması, onlara vətənə məhəbbət, sədaqət, Azərbaycançılıq ideyasına və milli-mənəvi dəyərlərə bağlılıq kimi dəyərlərin aşılanması baxımından böyük əhəmiyyət kəsb edir.
Muzeydə BDU-nun dünya şöhrətli məzunu və Fəxri doktoru olan dahi şəxsiyyətin həyat və fəaliyyətinin müxtəlif dövrlərini əks etdirən materiallar, sənədlər və fotolar mühafizə olunur. Sənədlər arasında 1939-cu ildə Naxçıvan şəhərindəki beynəlmiləl məktəb tərəfindən Heydər Əliyevə verilmiş attestat, BDU-ya daxil olmaq üçün yazdığı ərizə, imtahan vərəqi, tələbəlik illərini əks etdirən və BDU-nu bitirərkən çəkilən toplu şəkil (vinetka), Tarix fakültəsinin bitirməsi ilə bağlı diplom, eləcə də son dərəcə nadir və qiymətli digər tarixi sənədlər vardır.
Ulu Öndər Heydər Əliyevin BDU-ya ziyarətləri, BDU-nun yubileylərində iştirakı və tarixi çıxışları, dahi şəxsiyyətin bir çox ölkə başçıları, dövlət rəsmilərilə görüşlərinə dair materiallar, həmçinin Heydər Əliyevə müxtəlif ölkələrin ən qabaqcıl universitetlərinin, o cümlədən BDU tərəfindən verilmiş Fəxri doktor diplomlarının surətləri və medallar da qiymətli eksponatlar kimi muzeydə mühafizə olunur.
Muzeydə Ulu Öndərin xalqın təkidli tələbi ilə 1993-cü ildə siyasi hakimiyyətə qayıdışını əks etdirən tarixi faktlar, sovet dövründə və müstəqillik illərində Azərbaycana rəhbərlik etdiyi illərə dair materiallar, müstəqil Azərbaycan dövlətinin dünyada tanıdılmasında göstərdiyi misilsiz fəaliyyət, xarici ölkələrə səfərləri, bu səfərlərdə Azərbaycanın milli maraqlarının qorunması yolunda atdığı addımlar, bir çox ölkə başçıları ilə görüşləri və aparılan danışıqlar fotoşəkillər və sənədlərlə nümayiş olunur.
Heydər Əliyevin ömrünün anlarından bəhs edən fotoşəkillər, kitablar, BDU alimlərinin Ümummilli Liderin keçdiyi həyat yolundan, dövlətçilik irsindən bəhs edən monoqrafiyaları xüsusi guşədə toplanmışdır.
Muzeyi dünyanın bir çox tanınmış ictimai-siyasi xadimləri, elm və təhsil nümayəndələri ziyarət etmiş, xatirə kitabında Ümummilli Lider haqqında düşüncələrini, eləcə də muzeyin fəaliyyəti barədə təəssüratlarını qeyd etmişdirlər. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyev BDU-ya səfərləri zamanı Muzeyi ziyarət edib və xatirə kitabına öz tarixi fikirlərini yazmışdır.
Muzeydə müntəzəm olaraq Heydər Əliyev irsinin öyrənilməsi və təbliğinə həsr olunmuş mühazirələr, dəyirmi masalar, görüşlər, seminarlar və s. keçirilir, BDU-ya qəbul olmuş tələbə və magistrantların, BDU nəzdində “Gənc istedadlar” liseyinin, eləcə də digər orta məktəb şagirdlərinin ekskursiyaları təşkil olunur.
Heydər Əliyev Muzeyinin tərkibində Heydər Əliyev lektoriyası fəaliyyət göstərir. Lektoriyada müntəzəm olaraq Ümummilli Liderin dövlətçilik irsinin və Azərbaycançılıq ideologiyasının öyrənilməsi və təbliğinə həsr olunmuş mühazirələr təşkil olunur. Lektoriyada Azərbaycanın tanınmış ictimai-siyasi xadimləri, BDU-nun nüfuzlu alimləri Ulu Öndərin müstəqil dövlət təlimi və onun ayrılmaz tərkib hissəsi olan Azərbaycançılıq ideologiyasından, müstəqil Azərbaycan dövlətinin qurucusu kimi həyata keçirdiyi işlərdən, Azərbaycan dilinin, tarixinin, mədəniyyətinin və milli-mənəvi dəyərlərin qorunması və inkişaf etdirilməsi istiqamətində misilsiz fəaliyyətindən bəhs edən mühazirələr oxuyurlar
.
