Bakı Dövlət Universitetinin ali idarəetmə orqanı Elmi Şuradır. Elmi Şuranın yaradılması, səlahiyyətləri və fəaliyyətinin təşkili qaydası Azərbaycan Respublikasının Elm və Təhsil Nazirliyinin təsdiq etdiyi müvafiq əsasnamə və Bakı Dövlət Universitetinin Nizamnaməsi ilə müəyyən olunur.