BDU-nun nəzdində Fizika Problemləri Elmi-Tədqiqat İnstitutu 2005-ci ildə Fizika fakültəsinin nəzdində fəaliyyət göstərmiş Yarımkeçiricilər fizikası, Kvant kimyası, Amorf təbəqələr fizikası, Bərk cisim elektronikası, Makromolekul məhlullarının fiziki-kimyası, Molekulyar biofizika, Yüksək enerjilər fizikası, Maye kristallar, Günəşin Fraunhofer spektri və Ozon generatorları elmi-tədqiqat laboratoriyalarının bazasında yaradılmışdır. 2019-cu ildən İnstitutda Kondensə olunmuş hal fizikası, Nəzəri fizika və Biofizika şöbələri fəaliyyət göstərir. İnstitutda nəzəri və eksperimental fizikanın müxtəlif sahələri üzrə elmi-tədqiqatlar aparılır.
İnstitutun əməkdaşlarının əldə etdikləri nəticələr mötəbər elmi jurnallarda çap olunmuş, ABŞ, Fransa, İtaliya, Türkiyə, Rusiya, İran, Pakistan və s. kimi ölkələrdə keçirilmiş beynəlxalq konfrans, simpozium və seminarlarda məruzə edilmişdir. İnstitutun İngiltərənin İmperial Kolleci və Durham Universiteti, Almaniyanın Boxum, Regensburq, Vuppertal, Kayzerslautern Universitetləri, Fransanın Ecole Polytechnique məktəbi və Nüvə Tədqiqatları İnstitutu, Moskva Dövlət Universitetinin Molekulyar biologiya və bioüzvi kimya kafedrası, Rusiya EA-nın Yüksək Enerjilər Fizikası İnstitutu, Türkiyənin İstanbul və Erciyez universitetləri, İran İslam Respublikasının Riyaziyyat və Fizika İnstitutu, Sankt-Peterburq Fizika Texnika İnstitutu, Elm və Təhsil Nazirliyinin Fizika və Radiasiya Problemləri İnstitutları ilə elmi əməkdaşlıq əlaqələri mövcuddur.