02 may 2024-cü il tarixində Fizika Problemləri ETİ-nin növbəti seminarı keçirilmişdir.
Seminarda “Biofizika” şöbəsinin dissertantı Sara Rəhimzadə “Val-Trp dipeptidinin struktur analizi: Molekulyar mexanika və DFT hesablamaları” mövzusunda məruzə etmişdir. Məruzəçi tərəfindən qeyd edilmişdir ki, bioloji aktiv Val-Trp dipeptidinin tədqiqi kompüter modelləşdirmə metodlarından istifadə etməklə aparılmışdır. Dayanıqlı quruluşları axtarmaq üçün molekulyar mexanika metodu çərçivəsində bu molekulun nəzəri cəhətdən mümkün olan müxtəlif konformasiyaları hesablanmışdır. Nəticələr göstərmişdir ki, bu birləşmə üçün iki növ konformasiya - bükülü və açıq konformasiyalar mümkündür. Daha sonra Val-Trp dipeptidinin ən dayanıqlı konformasiyaları 6-31+G(d,p) əsas bazası ilə DFT/B3LYP nəzəriyyəsindən istifadə edilərək optimallaşdırılmışdır. Baxılan molekulun optimallaşdırılmış açıq və bükülü quruluşları üçün həndəsi parametrlər, enerji parametrləri, elektron xassələr, molekulyar elektrostatik potensial (MEP) xəritəsi, ən yüksək tutulmuş molekulyar orbital (HOMO) və ən aşağı tutulmamış molekulyar orbital (LUMO) enerjiləri, kimyəvi reaktivlik deskriptorları, elektrik dipol momenti və polyarlaşma kimi qeyri-xətti optik xüsusiyyətlər hesablanmış və müqayisə edilmişdir. Val-Trp dipeptidinin iki xarakterik konformasiyası arasında elektron quruluşlardakı fərqlər aşkar edilmişdir. Müəyyən edilmişdir ki, peptid zəncirinin bükülməsi nəticəsində yüklərin yenidən paylanması bu molekulun dipol momentinin azalmasına səbəb olur. Molekuldaxili hidrogen rabitəsinin Val-Trp dipeptidinin həndəsi quruluşuna təsiri müşahidə edilmişdir.
Daha sonra Sara Rəhimzadə verilən sualları cavablandırmışdır.
