Təbiət-dəqiq və humanitar-sosial elm sahələrində prioritet məsələləri və innovativ istiqamətləri müəyyənləşdirmək, doktorant, magistrant və tələbələri elmi araşdırmalara təşviq etmək, elmi-tədqiqat işlərinin nəzəri və praktik cəhətdən əldə olunan mühüm nəticələrini müzakirə etmək məqsədi ilə BDU-da mütəmadi olaraq universitetdaxili, respublika və beynəlxalq səviyyəli konfranslar, vorkşoplar, yay və qış elmi məktəbləri, elmi seminarlar və ustad mühazirələri təşkil olunur.
Daxil olan məruzə və materiallara (tezis və məqalələrə) konfransların proqram komitələri tərəfindən rəylər verilir və BDU-da fəaliyyət göstərən antiplagiat komissiyası tərəfindən müvafiq proqram vəsitəsilə yoxlanılır. Konfrans və digər elmi tədbir materialları, bir qayda olaraq, konfrans öz işini yekunlaşdırdıqdan və məqalələr anonim rəydən keçirildikdən sonra nəşr olunur və paylanır. Bəzi konfranslarda məruzə olunmuş materiallar üzrə məqalələr BDU elmi jurnallarında da rəydən keçirilməklə dərc olunur.
Uzun müddətdir ki, BDU-nun təşkilatçılığı ilə keçirilən 2 beynəlxalq konfransın – Modern Trends In Physıcs (MTP) və International Conference on Control and Optimization with Industrial Applications (COIA) konfranslarının materialları Web of Science bazasında indekslənir.
Elmi tədqiqatlara həvəsi olan tələbələr Tələbə Elmi-Texniki Yaradıcılıq Mərkəzinə dərsdənkənar məşğələlərə cəlb olunurlar. BDU-da keçirilmiş əksər konfranslarda gənclər Yerli Təşkilat Komitəsinin üzvü olur, bütün təşkilati məsələlərdə iştirak edirlər.
BDU professor-müəllim heyətinin və elmi işçilərin, xüsusilə gənc tədqiqatçıların elmi-tədqiqat materiallarını ölkədə və xaricdə dərc etdirilməsinə geniş imkanlar yaradır. “Bakı Dövlət Universitetinin xəbərləri”nin ilk yarımcildi 1921-ci ildə işıq üzü görmüşdür. Sonralar jurnal müxtəlif adlarla (Известия Бакинского Университета, Труды, Ученые записки, Тематический сборник, Xəbərlər) və müxtəlif sahələri əhatə etməklə nəşr edilmişdir. Yenidən həmin adla (Bakı Universitetinin Xəbərləri) jurnal 1992-ci ildən 4 seriyada nəşr olunur. BDU-nun elmi prioritetlərinə uyğun olaraq yeni 5 jurnal – Baku State University Journal of Physics and Space Sciences, Baku State University Journal of Earth Sciences and Environment, Baku State University Journal of Chemistry and Materials Science, Baku State University Journal of Life Sciences and Biology, Baku State University Journal of Mathematics and Computer Sciences və Baku State University Journal of Oriental Studies təsis olunmuşdur.BDU-nun həmtəsisçiliyi ilə dərc edilən 2 jurnal - Web of Science Core Collection bazasında “Applied and Computational Mathematics” jurnalı Q1 kvartil kateqoriyalı jurnallar siyahısında, “TWMS Journal Pure and Applied Mathematics” jurnalı isə “Riyaziyyat” kateqoriyasında Q1 və “Tətbiqi riyaziyyat” kateqoriyasında Q2 kvartil kateqoriyalı jurnallar siyahısında qərarlaşıb. Dissertasiya işinin müdafiəsi ixtisaslaşdırılmış müdafiə şuralarında həyata keçirilir. Akademik dürüstlük siyasəti BDU-nun fəaliyyətində tətbiq olunur. 2017-ci ildən BDU ilə “StrikePlagiarism” şirkəti arasında elmi işlərdə plagiatın aşkar edilməsi üçün antiplagiat sistemindən istifadə haqqında müqavılə imzalanmışdır. Elmi, tədris-metodiki işlərdə plagiatın aşkar edilməsi, onunla mübarizə və müəllif hüquqlarının qorunması məsələlərinə BDU-nun nəzdində yaradılmış Antiplagiat Komissiyası nəzarət edir. BDU-nun əməkdaşları, doktorantları, dissertantları, magistrantları və tələbələri tərəfindən hazırlanan bütün elmi işlər Antiplagiat Komissiyası tərəfindən yoxlanılır. Bununla yanaşı, Universitetdə keçirilən konfransların materiallar kitabına və jurnallara tədqim olunmuş məqalələr də yoxlanılır.